Eredetileg Pozsonyban folytatott jogi tanulmányokat és később szerzett orvosi diplomát. 1844-ben Bécsben ismerkedett meg Semmelweis Ignáccal, akinek lelkes híve lett. 1847-től tanársegédként dolgozott Balassa János mellett. A szabadságharcban törzsorvosként vett részt. Markusovszky alapította 1857-ben a ma is megjelenő Orvosi Hetilapot, amelynek élén 32 évig állt. 1863-ban megalapította a Magyar Orvosi Könyvkiadó Társulatot. 1863-ban az MTA levelező tagjává, majd 1890-ben tagjává választották. A hazai orvosképzés úttörője és szószólója volt. Sokat tett a magyar közegészségtan fejlesztéséért.